Por exemplo, os rastreadores dos mecanismos de busca (Web crawlers) podem nunca achar uma página simplesmente porque nenhuma outra página rastreada anteriormente tinha um link para a primeira. Além disso, essa página pode exigir algum tipo de autenticação, como um login e senha, a necessidade de preencher um formulário de pesquisa e clicar em enviar, ou ainda mesmo exigir um determinado certificado de segurança. Além disso, se uma página contiver conteúdo ilegal, o Google não vai querer que o conteúdo apareça nos resultados da pesquisa, então não o indexa. E por fim, se o criador de uma página não quiser que ela seja indexada por mecanismos de busca populares, ele pode incluir um arquivo robots.txt adequado, que instrui os rastreadores a não indexarem a página (Protocolo de Exclusão de Robôs).

Já a Dark Web, que é um conceito que muitas pessoas confundem com a Deep Web em si, é, na verdade, apenas uma parte da Deep Web que foi intencionalmente ocultada e tornada inacessível por meio de navegadores da Web padrão. Uma fonte relativamente conhecida de conteúdo da Dark Web é encontrada na rede TOR. A TOR, e outras redes semelhantes, permitem que os usuários percorram a Web em anonimato quase completo, criptografando pacotes de dados e enviando-os através de vários nós de rede, chamados de "roteadores cebola".

Como qualquer tecnologia, o anonimato pode ser usado tanto para o bem quanto para o mal. Há aqueles que se aproveitam desse anonimato on-line para usar a Dark Web em atividades ilegais, como comércio de substâncias controladas, transações financeiras ilegais, roubo de identidade e assim por diante.

No entanto, nela também é possível achar muito conteúdo útil e que só está escondido por determinados conflitos de interesse na Surface Web, ou mesmo pelo fato de seus criadores não acharem confiável a publicação num local de tão fácil acesso como a Web visível. Desta forma, nela podem ser encontrados artigos, livros, vídeos e tutoriais do mundo inteiro, sobre os mais diversos assuntos, como religião, política e outros assuntos interessantes.

Além disso, é por causa de sua falta de filtro e anonimato que se tornaram possíveis quebras de sigilo sem retaliação, como quando o Wikileaks e Anonymous divulgam informações importantes e que a população tem direito de saber, mas que estavam sendo mantidas em confidencialidade pelo governo. Em 2011, por exemplo, o Anonymous divulgou a identidade de quase 200 pedófilos, informação que estava sendo escondida. 

Por fim, em países como a China, Coreia do Norte e Irã, onde os sites são bloqueados e a privacidade da Internet é difícil de encontrar, há uma comunidade crescente de usuários que usam a Dark Web para compartilhar informações e falar livremente. Navegadores como TOR ainda são relativamente desconhecidos na China, mas o número de pessoas usando o serviço está crescendo constantemente. Já os cidadãos da Turquia e outros países politicamente tumultuados estão usando a Dark Web para se reunir, planejar protestos e discutir notícias locais fora do olhar atento do governo.