Segurança e privacidade são duas coisas que andam juntas. Caso se queira ter muita segurança, perde-se privacidade, e com muita privacidade, perde-se segurança. Na Deep Web não seria diferente.

Na internet comum, existe um certo equilíbrio entre segurança e privacidade, já na Deep Web, onde a privacidade é o principal para os usuários dessa rede, a segurança é quase nula. Hackers e vírus de todos os tipos inundam a rede buscando vítimas que ainda não estão acostumadas a navegar por lá.