Como mencionado anteriormente, a rede é criptografada e descentralizada. Ela transfere seus dados de forma aleatória entre os nós da rede, sendo que a cada salto, uma nova camada de criptografia é gerada e a única informação que é transportada é o servidor de destino, deixando o usuário anônimo.

Quanto à segurança, a exemplo do TOR, a própria estrutura de garantia de anonimato induz algumas medidas. A camuflagem de IP se dá mudando-o a cada salto na rede, como pode ser visto na figura 1. O último IP, o da Dinamarca, será o que aparecerá como o IP do usuário, tornando o traceback praticamente impossível, já que o caminho até o último roteador é desconhecido pelo mesmo. O TOR também pode ser configurado em três níveis de segurança, limitando os recursos acessíveis a cada nível (figuras 2, 3 e 4). O que o torna perigoso é o download de qualquer tipo de arquivo, que pode conter malwares ou, no caso do conteúdo baixado ser ilegal, o usuário poderá enfrentar problemas judiciais.

De maneira geral, a Deep Web é vista como um ambiente hostil, servindo somente para atividades ilícitas e veladas dos olhos da justiça. Esse pensamento é correto tratando-se do subconjunto Dark Web, que, no entanto, encompassa apenas uma pequena parte de toda a Deep Web.